Program khusus yang dirancang untuk memberikan fokus tambahan pada bidang tertentu dalam rangka meningkatkan kualitas pendidikan dan pengalaman belajar siswa SDN Gedog 3. Program-program ini bertujuan untuk menegmbangkan potensi dan bakat siswa dalam bidang-bidang tertentu dan membantu siswa SDN Gedog 3 mencapai keunggulan dalam suatu bidang tersebut.

Di SDN Gedog 3 terdapat beberapa program unggulan diantaranya: 

1. Program Pembentukan Karakter

2. Program Keagamaan

3. Program Olahraga