Program khusus yang dirancang untuk memberikan fokus tambahan pada bidang tertentu dalam rangka meningkatkan kualitas pendidikan dan pengalaman belajar siswa SDN Gedog 3. Program-program ini bertujuan untuk menegmbangkan potensi dan bakat siswa dalam bidang-bidang tertentu dan membantu siswa SDN Gedog 3 mencapai keunggulan dalam suatu bidang tersebut. Di SDN Gedog 3 terdapat beberapa program unggulan diantaranya:  1. Program Pembentukan Karakter 2. Program Keagamaan 3. Program Olahraga